Коронавіруси (Coronaviridae) – це велика родина РНК-вірусів, здатних інфікувати як тварин (їх природних господарів), так і людину. За результатами серологічного та філогенетичного аналізу коронавіруси поділяються на чотири роди: Alphacoronavirus, Betacoronavirus, Gammacoronavirus та Deltacoronavirus. У людей коронавіруси можуть викликати цілу низку захворювань – від легких форм гострої респіраторної інфекції (ГРВІ) до тяжкого гострого респіраторного синдрому.
До 2002 р. коронавіруси розглядалися як агенти, що викликають легкі захворювання верхніх дихальних шляхів (з вкрай рідкісними летальними наслідками). У період із 2002 по 2004 роки коронавірус SARS-CoV з роду Betacoronavirus вперше став причиною розвитку епідемії так званої атипової пневмонії (SARS – severe acute respiratory syndrome – тяжкий гострий респіраторний синдром) та підтвердженої причиною смерті 774 людей у 37 країнах світу. Чергова епідемія почалася у 2012 р. на Аравійському півострові та спричинена коронавірусом MERS-CoV, який також із роду Betacoronavirus (MERS – middle East respiratory syndrome – близькосхідний респіраторний синдром). До 2020 р. зареєстровано 866 смертей від MERS.
11 березня 2020 р. Всесвітня організація охорони здоров’я (ВООЗ) оголосила про початок пандемії нової коронавірусної інфекції, спричиненої вірусом SARS-CoV-2, яка стала 11-ою у ХХ–ХХI століттях. Новій коронавірусній інфекції ВООЗ привласнила офіційну назву – COVID-19 («CoronaVirus Disease 2019»), а Міжнародний комітет з таксономії вірусів – офіційну назву збуднику цієї інфекції – SARS-CoV-2.
SARS-CoV-2 – оболонковий вірус з одноланцюговою РНК позитивної полярності, що відноситься до сімейства Coronaviridae, роду Betacoronavirus, підроду Sarbecovirus. Для представників сімейства Coronaviridae характерні на поверхні вірусної частки булавоподібні шипи (пепломери), що виглядають як корона. Білок «шипа» – S-білок вірусу SARS-CoV-2 має спорідненість до рецептора ангіотензинперетворюючого ферменту 2 (АПФ2), завдяки чому вірус проникає у клітини-мішені, що мають мембранні білки АПФ2, які є рецепторами для проникнення вірусу всередину клітини.
Відповідно до секвенування геному, було показано генетичну схожість нового вірусу з раніше відомими коронавірусами SARS-CoV (подібність ~ 79%) та MERS-CoV (подібність ~ 50%).
При кімнатній температурі (20 – 25 °C) SARS-CoV-2 здатний зберігати життєздатність на різних об’єктах навколишнього середовища у висушеному вигляді до 3 діб, рідкому середовищі – до 7 діб. Вірус залишається стабільним у широкому діапазоні значень pH. При температурі +4 °C стабільність вірусу зберігається понад 14 днів. При нагріванні до 37 °C повна інактивація вірусу відбувається протягом 1 дня, при 56 °C – протягом 45 хвилин, при 70 °C – протягом 5 хвилин. Вірус чутливий до ультрафіолетового опромінення та дії різних дезінфікуючих засобів у робочій концентрації.
Вірус SARS-CoV-2 постійно мутує. Мутації – це зміни в генетичному матеріалі, що часто впливають на такі властивості вірусів, як заразність, стійкість до вакцин, тяжкість захворювання, симптоми тощо. Віруси мутують, щоб ефективніше проникати в живі організми та розмножуватися у їхніх клітинах. Кількість варіантів SARS-CoV-2 нині перевищує 1000 різних генетичних ліній. Більшість зареєстрованих мутацій SARS-CoV-2 не мають функціонального значення. Лише окремі лінії мають виражене епідемічне значення. Дані секвенування збираються у різних базах даних, що призвело до виникнення кількох номенклатурних систем, що застосовуються у світі для класифікації варіантів вірусу. Але для забезпечення розширеного обговорення епідеміологічного та клінічного значення варіантів вірусу та полегшення обміну даними щодо появи та поширення варіантів вірусу робоча група ВООЗ запропонувала уніфікувати позначення груп варіантів вірусу та позначити їх літерами грецького алфавіту.
Виходячи з поширеності різних варіантів вірусу серед населення та даних про їх біологічні властивості (контагіозність, патогенність, відношення до нейтралізуючої активності антитіл) ВООЗ запропонувала виділяти варіанти VOI – variant of interest, що викликають інтерес та вимагають спостереження та варіанти VOC – variant of concern, що викликають занепокоєння та є найбільш небезпечні через свої властивості. Таке розмежування найзручніше для оцінки можливих наслідків вірусу та опрацювання стратегії боротьби з ним.
Штами, що викликають занепокоєння (VOC), мають одну або кілька таких особливостей: швидше передаються від людини до людини (більш трансмісивні); частіше викликають захворювання; характеризуються новими симптомами, раніше невластивими ковіду; відносно стійкі проти вакцин та лікарських препаратів.
На сьогоднішній день до варіантів VOC віднесені варіанти:
- альфа (лінія PANGO B.1.1.7, вперше виявлена у Великій Британії у вересні 2020);
- бета (лінія PANGO B.1.351, вперше виявлена в ПАР у травні 2020);
- гамма ( лінія PANGO P.1, вперше виявлена в Бразилії в листопаді 2020);
- дельта (лінія PANGO b.1.617.2, вперше виявлена в Індії в жовтні 2020).
26 листопада Робоча група ВООЗ з еволюції вірусів визначила новий штам коронавірусу B.1.1.529 як «викликаючий занепокоєння» (VOC) і привласнила йому власну літерну назву «омікрон» (вперше зареєстрований у ПАР). Штам коронавірусу «омікрон» швидко поширюється по всьому світу і ВООЗ заявляє, що він може виявитися вкрай небезпечним для людей.
У нового штаму «омікрон» найбільша кількість мутацій Спайк-протеїну (S білка, який відповідає за прикріплення вірусної частки до клітини організму) серед усіх зареєстрованих варіантів коронавірусу – 32.
Омікрон-штам викликає побоювання фахівців охорони здоров’я саме через поєднання великої кількості різних мутацій, але поки неясно, як ці зміни генного матеріалу взаємодіятимуть і впливатимуть на властивості вірусу. Потрібен час на проведення досліджень.
Статтю підготували доцент Малик Ю.Ю., доцент Пентелейчук Н.П.